Khu định cư được thành lập, cùng với bốn khu định cư khác, trong nhiệm kỳ đầu tiên của Yitzhak Rabin làm Thủ tướng. Hạt nhân sáng lập ban đầu bao gồm những người từ Nahal gar'in của Yonatan Rosenman. Ngay sau Chiến tranh Yom Kippur, những người sáng lập bao gồm anh trai của Yonatan, Didi, đã quyết định đặt tên cho một khu định cư theo anh ta và bắt đầu một cộng đồng nông nghiệp ở Cao nguyên Golan. Năm 1975, khu định cư được bắt đầu tạm thời trong khu vực định cư kibbutz Merom Golan, và khoảng một năm sau, nó chuyển đến Tel Farj. Chỉ trong năm 1978, nó đã di chuyển đến vị trí ngày nay.

Sự cố bom mìn

Vào tháng 5 năm 2013, một quả mìn đã phát nổ trong cuộc tập trận rà phá bom mìn gần Moshav Yonatan. Vụ nổ đã giết chết một binh sĩ IDF mới được tuyển dụng trong Quân đoàn Kỹ thuật.